La tortue alligator est une espéce presqu'exclusivement aquatique. Elle peut hiberner en hiver dans les régions ou le climat est plus froid. La saison de reproduction se déroule au printemps. Mâles et femelles s'accouplent dans l'eau puis cette dernière sort de l'eau afin de pondre 10 à 50 oeufs dans du sable. Les jeunes éclosent dans un temps très variable qui s'etend de 60 à 100 jours, selon les conditions météorologiques. La température n'influe'pas uniquement sur la durée de séjour dans l'oeuf, elle détermine également le sexe des bébés. Plus il fait chaud plus les femelles sont nombreuses.
Les premiers mois de vie sont une période très dangereuse pour les petites tortues alligators qui sont alors souvent la proie des prédateurs. Avant même leur naissance, ils peuvent perdre jusqu'à 20% de leurs effectifs, dévorés par des prédateurs. Mais s'ils parviennent à survivre à ces dangereux moments, ils pourront vivre une cinquantaine d'années.
La maturité sexuelle est atteinte environ à 12 ans.
La tortue alligator se porte mieux qu'il fut un temps (ou elle était mangée par les populations locales), mais elle est toujours menacée par divers facteurs. La transformation de ses habitats en terres agricoles, le réchauffement climatique qui risque à terme de déséquilibrer le ratio mâles/femelles, mais aussi la captivité par des particuliers parfois peu conscients des dangers que représentent la detention de ces animaux pour les tortues et eux mêmes, sont autant de menaces.
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